Hydrogenotrophic methanogenesis and distinct microbial assemblages fostered by dauciform roots of <i>Cladium jamaicense</i>
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Nutrient availability regulates ecosystem processes, and plant roots strongly influence nutrient cycling through microbial interaction in the rhizosphere. In the extremely phosphorus-limited Florida Everglades, Cladium jamaicense (sawgrass) develops specialized roots, called dauciform roots, which release carboxylates that mobilize soil-bound nutrients. Although methanogenesis is a well-documented process in wetlands, the composition of methanogenic communities across separate root-associated compartments is not as well characterized. We investigated microbial community composition and predicted functional pathways across bulk soil, the general rhizosphere soil, and the rhizosphere of dauciform roots in calcareous (marl) soils near Everglades National Park. Functional predictions were inferred from 16SrRNA gene data using PICRUSt2 with taxonomic assignments referenced against SILVA v138.2 using rANOMALY. Alpha and beta community analyses revealed significant differences among compartments. Dauciform roots harbored the lowest Shannon diversity, whereas bulk soils supported the most distinct assemblages. Microbial communities clustered strongly by compartments, with compartment identity explaining 66% of the variation (p = 0.001). Pairwise comparisons showed the strongest separation between bulk and dauciform soils. Furthermore, functional predictions showed enrichment of hydrogenotrophic methanogenesis sequences in dauciform roots, while acetoclastic methanogenesis was most abundant in rhizosphere soils further emphasizing their distinct communities. Our preliminary results demonstrate that root-associated compartments foster distinct microbial assemblages with implications for key ecosystem processes, including methanogenesis. These findings highlight how root traits in oligotrophic systems influence carbon cycling and potential methane pathways, contributing to broader insights into microbial community assembly and ecosystem processes in nutrient-limited wetlands. Highlights First genomic investigation of the dauciform root rhizosphere. Root & dauciform rhizosphere harbor microbial communities distinct from bulk soil. Predicted enrichment of hydrogenotrophic methanogens in dauciform roots.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».