Differential usage of two, distinct DNA-binding domains regulates tissue-specific occupancy of the pioneer factor Zelda
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Pioneer transcription factors act at the top of gene-regulatory networks by promoting accessible chromatin at the cis -regulatory regions that drive gene expression. Despite their ability to bind closed chromatin, pioneer factors occupy distinct binding sites in different tissues. The pioneer factor Zelda promotes the undifferentiated fate in both the early Drosophila embryo and in the neural stem cells (neuroblasts) of the larval brain. Tissue-specific binding by Zelda identifies cell-type specific enhancers, which are enriched for different DNA-sequence motifs. We investigated the features that promoted cell-type specific occupancy by testing the role of conserved, structured protein domains in the capacity of Zelda to promote the embryonic and neuroblast cell fates. We unexpectedly identified that the most deeply conserved region in Zelda, the second zinc finger, has opposing functions in the embryo and neuroblasts. We showed that this zinc finger is a previously unrecognized DNA-binding domain that is specifically required for Zelda binding to a G-rich motif in larval neuroblasts. The pioneering function of Zelda depends largely on the C-terminal cluster of zinc fingers that promotes binding in the early embryo, suggesting that pioneer function may depend on how Zelda engages the genome. As opposed to co-factor expression or chromatin environment, our data identify tissue-specific usage of two, widely separated DNA-binding domains as the mechanism controlling tissue-specific binding and activity.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».