The two sub-genomes of the allotetraploid frog Xenopus laevis are evolving under similar selective pressure in extant populations
Notice bibliographique
Résumé
The model species Xenopus laevis is an allotetraploid species, whose genome consists of two sub-genomes (the L and S sub-genomes) that were inherited from its parental species. Previous studies comparing the genome of X. laevis with other species of the genus revealed that the L sub-genome was more conserved than the S sub-genome suggesting it has been evolving under stronger purifying selection. However, it remains unclear if this difference reflects evolutionary processes that are still at play in extant populations. To answer this question, we conducted the first genome-wide survey of variation in this species by re-sequencing 44 individuals from its native South African range at ~ 10 × coverage. We generated a dataset of ~ 260M SNPs, which constitutes a valuable resource for the Xenopus community. We found that the South African populations of X. laevis are highly structured and differentiated, reflecting ancient divergence followed by more recent admixture at contact zones. We also determined that the landscapes of variation of the L and S sub-genomes do not show any significant differences suggesting that the two sub-genomes are responding to evolutionary forces in a similar manner. In particular we showed that purifying selection and positive selection are acting identically on the two sub-genomes, suggesting that the sub-genomes of X. laevis are evolving under similar selective pressure. Since 60% of the ancestral homeologous genes have been retained in X. laevis, this result suggests that the function of those genes is conserved on both sub-genomes or that a large number of genes has experienced neo- or sub-functionalization.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».