Convergence, stability, and thermal adaptation in the rubisco enzyme in plants
Notice bibliographique
Résumé
Enzymes are thought to be tuned to perform similarly in different thermal regimes. Whether the photosynthetic enzyme ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase (rubisco) follows similar rules, especially when considering evolutionary history, is uncertain. The molecular, structural, and ecological factors of the rubisco large subunit (RbcL) were examined in four plant clades: wood ferns, pines, sea lavenders, and viburnums. Using rbcL gene sequences, codon evolutionary models were used to test for positive and divergent selection and convergent evolution. Protein structure modeling was performed to predict side chain changes and protein stability. Phylogenetic comparative methods were used to examine the relationship between protein stability to growing season temperature. All four clades showed significant evidence of positive selection, with multiple convergent substitutions predicted to alter side chain polarity and interactions with the solvent. In viburnums, biome transition rates were dependent on amino acid substitution, with positive selection was concentrated in cold temperate and cloud forest clades. Rubiscos with higher stability occurred in species from warmer environments. However, this correlation was weaker after correcting for phylogeny. These analyses support a hypothesis that RbcL evolution is influenced by both environmental tuning and evolutionary history.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».