Positive selection on hotspot and reinforcing regulatory alleles contributed to hexaploid bread wheat improvement
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background Genetic variation of regulatory alleles plays a key role in evolution and breeding. In polyploids, regulatory differences may preferentially affect genes on homoeologous chromosomes or sub-genomes. Selection in plant breeding may act upon total transcript dosage across homoeologous genes and on alleles that have strong effects on the transcriptome. Results To investigate these questions, we identified regulatory polymorphisms between an old and a recent hexaploid bread wheat cultivar ( Triticum aestivum , 2n=6x=42, AABBDD). The recent cultivar was the product of decades of selection for grain yield and quality. Regulatory allele polymorphisms preferentially affected genes on homoeologous chromosomes but rarely affected genes on specific sub-genomes. The chromosomal distributions of regulatory alleles indicated that past selection had acted upon them, and the effect of selection differed between alleles targeting environmental response genes and genes involved in other processes. Modern cultivar alleles that affected many genes’ transcripts corresponded to known selection targets and improved field crop performance. Modern cultivar alleles also had significant effects on homoeologous genes, and these alleles also improved crop performance. Conclusions Polyploid breeding across many species has been and will continue to be the key factor in plant improvement. By enhancing the favorability of strong regulatory alleles and by expanding the range of gene transcript abundances, genome duplications enable breeding progress.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».