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Enregistrement W4415054797 · doi:10.1101/2025.10.09.681452

Cellular Context Influences Kinase Inhibitor Selectivity

2025· preprint· en· W4415054797 sur OpenAlexfundno aff
M. Binder, Frances M. Bashore, Kaitlin K. Dunn Hoffman, Cameron Daamgard, Michael R. Slater, David H. Drewry, Matthew B. Robers, Alison D. Axtman

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2025
Typepreprint
Langueen
DomaineComputer Science
ThématiqueComputational Drug Discovery Methods
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesEshelman Institute for Innovation, University of North Carolina at Chapel HillGillings School of Public HealthOntario GenomicsNational Institutes of HealthOntario Genomics InstituteEuropean Federation of Pharmaceutical Industries and AssociationsMerck KGaAGenome CanadaFundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São PauloMcGill UniversityGenentechBayerPfizer
Mots-clésKinaseSelectivityContext (archaeology)Protein kinase ADrug discoveryProtein kinase inhibitorDrug development

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

A pivotal part of kinase chemical probe and drug development is assessment of the selectivity of a putative lead compound. While there is no consensus around the size of an appropriate panel or the type of assay(s) that are most appropriate, there is concurrence that gauging the number of on- and off-targets of a kinase inhibitor is essential. Historically, kinase selectivity panels have been comprised of cell-free assays. As pharmacology takes place in cells, we have compared profiling results generated using the cell-free assays to those obtained when a panel of cellular target engagement NanoBRET assays is used to assess selectivity in intact cells. Comparison of the data sets demonstrates divergent results that can influence chemical probe prioritization. Furthermore, we identify unanticipated kinase interactions in cells for type II kinase inhibitors that are not observed in biochemical, cell-free systems.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,002
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Simulation ou modélisation · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,012

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,002
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0020,001
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,017
Tête enseignante GPT0,253
Écart entre enseignants0,236 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSimulation ou modélisation
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2025
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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