Natural history of liver fluke infection underpins epidemiological patterns of biliary cancer
Notice bibliographique
Résumé
Pathogens are major drivers of cancer globally and the processes of infection and carcinogenesis unfold over decades making them difficult to observe in human or natural populations. We investigate these hidden dynamics for the foodborne trematode Opisthorchis viverrini , which is a primary cause of biliary cancer (cholangiocarcinoma) and infects 12 million people in Southeast Asia. In tumors from patients exposed to O. viverrini , we find that the earliest chromosomal amplifications carrying driver genes occurred at 30 y old on average, two to four decades before cancer diagnosis, and disproportionately contain TP53 , PTEN and FGFR2 genes. We then fitted transmission models to parasitological data from Thailand spanning 27 y ( n = 11,517) finding that, for people born between 1960 and 1989, first exposure occurred at two years old and by 30 y individuals had been cumulatively infected with a median of 72 worms. Trematodes are long-lived and our analysis quantifies the average lifespan of O. viverrini as 13 y (90% credible interval [CrI] 7 to 26 y) within human hosts. The lifetime probability of diagnosis with cholangiocarcinoma is 4.9% (90% CrI 4.7 to 5.0%) given prior exposure to O. viverrini , which is fourteen-fold higher than in populations nonendemic for the parasite. We find strong evidence for a dramatic decline in parasite transmission from 1990 onward in Thailand, suggesting that the incidence of cholangiocarcinoma will decline over the coming decades. Our study demonstrates how pathogen exposure drives patterns of cancer within a population and provides evidence for public health and therapeutic interventions.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».