Lineage‐specific phylogenetic structure of boreal habitats suggests different assembly processes across phylogenetic and spatial scales
Notice bibliographique
Résumé
The phylogenetic distance among species in a community (community phylogenetic structure) has been used to infer deterministic and stochastic assembly processes, albeit with criticisms. The effect of phylogenetic scale (old versus young lineages) and spatial scale on measures of CPS are rarely tested simultaneously, especially in the boreal biome, yet are essential to unravel different assembly processes that might operate in a community. We examined lineage‐specific phylogenetic structure for six vascular plant communities defined at the habitat scale (Arctic‐alpine barren, bog, fen, Kalmia barren, limestone barren, and serpentine barren) on the island of Newfoundland, Canada, and the phylogenetic structure of plant communities defined at a plot scale (72 plots × 1 m 2 ). Contrary to the expectation under the stress‐dominance hypothesis of phylogenetic clustering in challenging boreal environments, the majority of clades across the six boreal habitats had random phylogenetic structure. However, we observed a shift from phylogenetic clustering at the deepest nodes of the angiosperms to no phylogenetic structure at shallower nodes (< 110 Mya), suggesting changes in assembly processes with phylogenetic scale within a habitat, and the potential role for deterministic processes at deep nodes. The random phylogenetic structure of 1 m 2 plots and our modeling effort to test the effect of an environmental stress gradient on community composition suggest that a complex set of stochastic and deterministic factors is responsible for species assembly at this fine spatial scale, not just abiotic filtering in hostile environments like the serpentine as predicted by the stress‐dominance hypothesis. The interpretation of phylogenetic structure metrics did not change when considering species abundances or when polytomies were resolved. Taken together, inference of assembly processes must be lineage‐, habitat‐, and spatial scale‐specific, supplemented with knowledge on trait role and evolution for which we outline future research hypotheses.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».