Characteristics of an uncommon sequence type of serotype b Haemophilus influenzae causing an increase in invasive disease in British Columbia, Canada
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Since introduction of conjugate vaccines against serotype b Haemophilus influenzae (Hib), invasive Hib disease in British Columbia (BC), Canada has been rare (average 2.8 cases per year). However, between 2021 and 2024, 62 cases of culture confirmed cases were documented. This study examined Hib isolates from BC between January 1, 2010 to December 31, 2024. METHODS: Hib were characterized by whole genome sequencing. Demographics of Hib cases as well as clinical presentation inferred from bacteriological isolation sites were obtained from BC Centre for Disease Control. RESULTS: Ninety-eight case isolates of Hib (9.3 %) were identified from all invasive H. influenzae disease (n = 1047). The most common Hib sequence type (ST) was ST-231 (68 isolates or 69.4 %). SNVPhyl analysis clustered ST-231 Hib as uniquely different from all other Hib isolates, and also grouped them into an early E1 (from 2011 to 2008), a late L2 (from 2022 to 2023) and a late L3 (from 2017 to 2023) clusters. Core-genome multi-locus sequence typing (cgMLST) and Life Identification Numbers (LIN) assigned by PubMLST showed that the ST-231 Hib were highly similar (with five or fewer core gene differences). Only four non-Canadian Hib isolates identified by LIN and cgMLST to cluster distantly with ST-231 Hib were showing 110 core gene differences. Most (91.2 %) ST-231 Hib cases occurred in adults aged ≥ 30 years, and no case in children ≤ five years old. Most (94.1 %) cases showed positive blood culture. Temporal and geographical variations of Hib STs were found by linking Hib cases to their Health Regions. CONCLUSION: This study documented an increase of Hib cases in adults due to an uncommon ST, which was very different from other Hib found in the PubMLST databsae. ST-231 Hib cases were initially found in only two Health Regions, subsequent cases spread to cover four Health Regions suggesting community spread and endemicity in the province.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».