ARF: the most misunderstood GTPase I ever knew - why study ARF GAPs
Notice bibliographique
Résumé
ADP-ribosylation factors (ARFs) are GTP-binding proteins that were discovered in the early 1980s, shortly after heterotrimeric GTP-binding proteins (G proteins) and nearly simultaneously with RAS. G proteins formed the basis for the signaling paradigm that has been broadly applied to GTPases, including both RAS and ARF. In this paradigm, GTP-binding proteins act as switches. When converted from the GDP-bound form to the GTP-bound form, GTPases bind effector proteins to transduce a signal. This paradigm is consistent, at least in part, with RAS function as RAS•GTP activates effectors to drive cellular responses such as proliferation. ARF, on the other hand, functions outside this paradigm, at least in its first discovered physiological role: regulation of membrane traffic. Nevertheless, ARFs are often generalized as "on" and "off" switches controlling signaling pathways. In this study, we (i) briefly describe the history of the discoveries of three families of GTPases to provide an understanding of the genesis of the G-protein signaling model, (ii) enumerate some key differences between ARFs, RAS, and G proteins (which better fit the paradigm of molecular switches), and (iii) describe an alternate model for ARFs, in which their cycling between GTP binding and hydrolysis mediates cellular activities, rather than ARFs acting as mediators in a signaling cascade. Furthermore, we highlight the key role of GTPase-activating proteins (GAPs) as integral to ARF function.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,003 | 0,004 |
| Communication savante | 0,004 | 0,009 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,004 | 0,005 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,004 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».