Clearance of asymptomatic genital HPV infections in young adult women is shaped by host immune response
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Persistent infection with high-risk human papillomavirus (HPV) genotypes is an etiological factor in many cancers. The vast majority of HPV infections clear spontaneously within two years but the underlying mechanisms leading to this clearance remain unclear. Building on the PAPCLEAR longitudinal study, which followed young adult women with genital HPV infections, we analysed 100 vaginal swabs from 40 participants using quantitative bulk RNA sequencing to identify potential host transcriptomic signatures associated with infection clearance. Using a Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) to detect significantly enriched pathways across infection outcome categories, we find that HPV-positive samples are characterised by a downregulation in both antiviral innate and adaptive immune responses. Independently of the genotype, non-clearing infections stand out by their adaptive immune response activation, which is surprisingly downregulated in persisting infections. This represents one of the rare transcriptomic analyses of asymptomatic HPV infection clearance. It stresses the key role of adaptive immunity, which represents a promising target for future diagnostics or immunotherapies. Author Summary Study motivation Human papillomavirus (HPV) is one of the most prevalent sexually transmitted infections worldwide. Most HPV infections resolve spontaneously within about two years, but the mechanisms that drive natural clearance remain poorly understood. Persistent infection with certain high-risk HPV types can lead to precancerous lesions and, more rarely, cervical and other cancers. Study design and findings We used data from the PAPCLEAR study, a longitudinal cohort of young women with genital HPV infections, and analysed gene expression profiles from vaginal swabs collected from 40 participants. By comparing samples from cleared, persistent, and HPV-negative infections, we found that HPV positivity was associated with reduced expression of antiviral immune defences. Infections that did not clear showed stronger activation of adaptive immune pathways compared with clearing infections. Conclusions HPV-positive infections are associated with weakened antiviral immune responses. Non-clearing infections show activation of adaptive immunity.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».