Altered pattern of proteolysis in rhegmatogenous retinal detachment by mining of N-termini datasets from vitreous humor proteome
Notice bibliographique
Résumé
Rhegmatogenous Retinal Detachment (RRD) is a severe ocular condition characterized by the detachment of the neurosensory retina from the retinal pigment epithelium and caused by retinal tears. Pars Plana Vitrectomy (PPV) is the standard surgical procedure for RRD, and is intended to remove the vitreous gel, which shapes the eye, and provides mechanical and nutritional support to the retina. The study of the vitreous proteome isolated from RRD patients may help decipher the pathobiology of the disease and that of its complications, such as proliferative vitreo-retinopathy (PVR), which predispose to recurrent retinal detachment (observed in 20% of cases), a sight threatening condition. Herein, we set up a pilot shot-gun proteomics study (Data are available via ProteomeXchange with identifier PXD057155) to investigate the perturbations of vitreous proteome comparing RRD patients (n = 8) to patients affected by idiopathic Epiretinal Membranes (ERM), used as controls (n = 8). Spectra were first searched and analyzed to identify proteome perturbations. Thereafter, starting from the hypothesis that RRD could be sustained by altered proteolytic processing of structural and non-structural elements of vitreous gel, N- and C-termini were mined to uncover endogenous proteolytic events. Our search revealed a comprehensive array of proteolytic events and sites across numerous proteins. While some of these were previously documented in different biological samples (like plasma, cell models, etc.), our findings point to new, potentially specific cleavage sites on macromolecular components unique to the vitreous fluid and retinal layers (e.g., interphotoreceptor matrix proteoglycan 1 and 2). Comparison between the N- and C-termini landscapes and the perturbations of global proteome highlighted robust alterations of the repertoire of cleaved proteins between RRD patients and reference control subjects. Additional immunoblotting studies on a selection of proteins envisage that RRD is characterized by unbalanced proteolysis of structural and non-structural components involved in the regulation of immune processes, proteolytic control and, particularly, angiogenesis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».