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Enregistrement W4415162939 · doi:10.1101/2025.10.13.682004

KDM5-driven transcriptional noise fuels plasticity-led awakening and relapse in paediatric cancer

2025· preprint· en· W4415162939 sur OpenAlexaff
Alejandro Allo Anido, Cecilia Roux, Emilia Chen, Siân Hamer, Abigail Shea, Ayeh Sadat Sadr, Christie English, Charlotte Butterworth, Harvey Che, Birgit Geoerger, Gudrun Schleiermacher, Louis Chesler, Michael D. Morgan, Alejandra Bruna

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2025
Typepreprint
Langueen
DomaineSocial Sciences
ThématiqueEducational Practices and Sociocultural Research
Établissements canadiensInstitute of Cancer Research
Organismes subventionnairesHORIZON EUROPE Marie Sklodowska-Curie Actions
Mots-clésH3K4me3ChromatinDemethylaseNeuroblastomaEpigeneticsHistoneTranscriptional regulationCancer

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

How drug-tolerant persister (DTP) cells escape quiescence to drive tumour relapse is a central unresolved question in cancer evolution. Here, we identify transcriptional noise (TN), defined as the stochastic variability in gene expression, as a latent property of paediatric cancer cells that becomes a driver of adaptive regrowth after treatment withdrawal. Using functional assays, lineage tracing, single-cell transcriptomics, and multiscale landscape modelling, we show that therapy enriches mesenchymal-like tolerant states in neuroblastoma without clonal selection, while post-treatment awakening is a stochastic process fuelled by noise-enabled plasticity in cell-identity programmes. The histone demethylase KDM5A relocates to noisy cell-state genes during awakening, promoting H3K4me3 removal and chromatin remodelling at these loci. KDM5 inhibition abrogates this process, and suppresses transcriptional noise, halts DTP exit, and prevents tumour recovery in both neuroblastoma and hepatoblastoma models. These results establish DTP as an exploitable evolutionary bottleneck, positioning KDM5-mediated transcriptional noise as an actionable therapeutic target to limit cancer adaptation and relapse.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,005

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,030
Tête enseignante GPT0,321
Écart entre enseignants0,291 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2025
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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