Bioinformatic inference of the exercise-responsive control of p70 S6 kinase through <i>RPS6KB1</i> expression
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Previous research suggests that the absolute levels of p70 S6 kinase (p70S6K) are a key determinant of the rate of skeletal muscle protein synthesis (MPS). p70S6K levels are in part determined by the transcriptional control of the gene encoding p70S6K, RPS6KB1 , but the molecular mechanisms governing its expression are poorly understood. The purpose of this study was to infer the molecular regulatory network governing RPS6KB1 expression. We applied a novel bioinformatic network inference algorithm called CARNIVAL (CAusal Reasoning pipeline for Network identification using Integer VALue programming) to infer the signaling network downstream of canonical exercise sensors controlling RPS6KB1 -specific transcription factors (TFs) after acute aerobic (AE) or resistance exercise (RE). CARNIVAL integrates a prior knowledge network, TF and signaling pathway activities inferred from transcriptomic data, and perturbation targets to predict the network that best explains the data. The networks revealed intracellular sensors and hormone receptors controlling RPS6KB1 -specific TFs. Both exercise types resulted in AMPK-mediated SNAI1 regulation, but HIF1A was distinctly controlled (AE: PHD1-3, FIH; RE: AMPK). AE controlled FOXA1 via insulin, TGF-β, and myostatin signalling, while RE controlled CEBPA via MAP3Ks. Our study is the first to apply a comprehensive bioinformatic network inference algorithm to infer causal exercise-responsive signaling networks. The results of our analysis motivate experimentally testable hypotheses pertaining to the molecular control of RPS6KB1 transcription in human skeletal muscle in response to aerobic and resistance exercise.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».