A human YEATS4 variant confers resistance to TST and IGRA conversion despite Mycobacterium tuberculosis exposure
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Despite sustained exposure to Mycobacterium tuberculosis (Mtb), some individuals-so-called resisters-have persistently negative results for the tuberculin skin test (TST) and interferon-gamma release assays (IGRAs). "Resistance to immune conversion" is the best-known clinical correlate for absence of Mtb transmission and protection from tuberculosis (TB). We investigated the human genetic basis of this phenotype by hypothesizing that resisters living with HIV, a major risk factor for TB, would be enriched in genotypes conferring resistance. METHODS: We enrolled two cohorts of people living with HIV (PWH), consisting of 55 resisters and 100 controls-either positive for TST and IGRA or with a history of TB-from South Africa, and 66 resisters and 57 controls from Haiti, two regions where TB is hyperendemic. All study participants underwent whole-genome sequencing (WGS). We performed a genome-wide association study (GWAS) of the resister phenotype, focusing on a comprehensive set of 320,629 common protein-altering and regulatory variants. RESULTS: ). The frequency of the C allele in the combined sample was 0.11, and all four CC homozygotes in our sample were resisters. Consistently, we found a significant depletion of homozygous carriers of the rs622656-C resistance-associated allele in three cohorts of HIV-negative TB patients from Haiti, Morocco, and the UK Biobank. In silico analysis suggested that the rs622656-C resistance-associated allele increased the translation of the nearby YEATS4 gene by suppressing an upstream open reading frame. YEATS4 has been shown to play a role in innate lymphoid cell differentiation, a leukocyte subset. We confirmed experimentally that the rs622656-C resistance-associated allele increased the activity of the reporter gene in HEK293T cells. CONCLUSIONS: We report a new cluster of variants on chromosome 12q15, overlapping the YEATS4 gene, strongly associated with the resister phenotype in two populations of PWH. Our results contribute to the understanding of the molecular mechanisms that block transmission of Mtb.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».