Poultry-associated nitrofurantoin-resistant and pre-resistant Escherichia coli clones are found in multiple countries and one-health compartments
Notice bibliographique
Résumé
Escherichia coli is the most common cause of urinary tract infection (UTI) in humans. The nitrofuran-class antibacterial drug nitrofurantoin is a frequent UTI therapy, with resistance rarely observed. Here we show that nitrofurantoin resistant (NFT-R) E. coli are sometimes excreted by dogs fed a raw meat diet in the city of Bristol, United Kingdom, and that NFT-R and pre-resistant (one mutation away from NFT-R) E. coli can be found contaminating chicken meat sold for human consumption and chicken-based raw dog food in the same city. Using whole genome sequencing, we identified multiple NFT-R or pre-resistant E. coli clones spanning several phylogroups. These clones were dominated by isolates from poultry farms and poultry meat in Europe, Canada, the United States and Japan, and we identified instances where closely related NFT-R and pre-resistant isolates have colonised humans and caused UTIs. The origins of these poultry-associated NFT-R and pre-resistant E. coli clones are uncertain, but nitrofuran-class antibacterials (particularly furazolidone, furaltadone, and nitrofurazone) were used in poultry production during the 1970s and 80s, though this practice has been banned since the 1990s. It is possible, therefore, that this caused an initial selective pressure for the emergence of NFT-R and pre-resistant E. coli clones on poultry farms. Our findings have potentially important implications for domestic hygiene, particularly among people receiving nitrofurantoin therapy.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».