Coordination of the Fe-S cluster biogenesis network by the sRNA RyhB in <i>E. coli</i>
Notice bibliographique
Résumé
Iron (Fe) plays critical roles as enzyme cofactor involved in key biological processes but can also lead to toxicity by catalysing the formation of highly damaging reactive oxygen species. To stabilize Fe and perform catalysis, most organisms rely on Fe-S clusters, which are fundamental and evolutionary ancient cofactors. In E. coli, two distinct pathways for the biosynthesis of Fe-S cluster exist: the three-part iscR-SUA-hscBA-fdx-iscX (ISC-HSC) operon and the sufABCDSE (SUF) operon. The iscR-SUA section of the ISC-HSC operon is regulated at the promoter level by the IscR transcription factor and post-transcriptionally by the small RNA (sRNA) RyhB. The SUF operon is regulated by a combination of transcription factors, including the Fe-sensing Fur, the Fe-S using IscR, and the oxidative stress responsive OxyR. Here, we show evidence that the sRNA RyhB regulates the hscBA-fdx-iscX part of the ISC-HSC operon as well as part of the SUF operon. RyhB orchestrates a complex pattern of expression of the iscR-SUA-hscBA-fdx-iscX operon during Fe starvation. This results in increased level of iscR and constant expression of iscSUA, encoding the scaffold for Fe-S cluster formation. However, the third part of the operon, hscBA-fdx-iscX, encoding a chaperone that facilitates Fe-S cluster transfer, is repressed by RyhB during Fe starvation. Furthermore, RyhB represses part of the sufABCDSE transcript, which counteracts Fur derepression. Overall, RyhB represses both ISC and SUF systems under iron starvation, to reduce Fe-S biogenesis under such limiting conditions.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».