Comparative analysis reveals highly conserved satellite DNA landscapes in two sympatric <i>Gymnotus</i> (Teleostei, Gymnotiformes) electric knifefish
Notice bibliographique
Résumé
Significant structural and evolutionary aspects associated with satellite DNAs (satDNAs) have been uncovered through the combination of cytogenetic and genomic analysis in a wide variety of organisms. In the last few years, several complete catalogs of satDNAs (the so-called satellitomes) were characterized in fishes, and despite the presence of comparative analysis in Neotropical fishes, the order Gymnotiformes remains largely unexplored. Thus, this study aimed to present a comparative satellitome analysis for weakly electric fishes by investigating the richness of satDNA sequences in the genomes of two banded knifefishes: Gymnotus cuia and Gymnotus sylvius. Our investigations identified 72 and 66 satDNA families in G. cuia and G. sylvius, respectively, characterized by varied motif genomic expansion and a high abundance of monomers in both species. The comparative study revealed a widely shared satDNA library, identifying 40 pairwise correspondences of satDNA sequences among the species, exhibiting varied levels of sequence similarity. The chromosomal mapping of the main sequences common to the catalogs facilitated inferences regarding the structural dynamics of satDNA accumulation and distribution throughout Gymnotus. Furthermore, we incorporated a species identification method utilizing quick-FISH of GcuSat07|GSySat05, thereby facilitating the identification of these species. Our data demonstrate significant satDNA sharing between these species, reflecting the recent divergence between these two species.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».