Conversion of a Heme-Dependent Dehydratase to a Piperazate Synthase Reveals the Role of the Heme Propionate Group in N–N Bond-Formation
Notice bibliographique
Résumé
High Resolution Image Download MS PowerPoint Slide Enzymes that form nitrogen–nitrogen bonds are employed in natural product biosynthesis and the nitrogen cycle. Piperazate synthase forms the cyclic hydrazine l -piperazic acid from l - N 5 -OH-ornithine, using heme as a cofactor. In this work, we discover sequence-related enzyme NohD that instead reacts with l - N 5 -OH-ornithine to release ammonia, and we solve its structure to 1.4 Å resolution. We then employ structure-guided site-directed mutagenesis to endow variants of NohD with piperazate synthase activity. Crystal structures of the NohD variants reveal how the heme propionate changes conformation, positioning it upward toward the amino nitrogen, where it is likely to activate the amine for N–N bond-formation. This study highlights a key structural requirement for N–N bond-formation and sets the stage for the development of new N–N-bond-forming catalysts.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».