Transcriptomic Analyses Unveil Hydrocarbon Degradation Mechanisms in a Novel Polar <i>Rhodococcus</i> sp. Strain R1B_2T From a High Arctic Intertidal Zone Exposed to Ultra‐Low Sulphur Fuel Oil
Notice bibliographique
Résumé
As Arctic shipping increases due to climate change, characterised by rising temperatures and decreasing sea-ice coverage, the risk of oil spills through the Northwest Passage in this fragile ecosystem grows, necessitating effective bioremediation strategies. Research on bioremediation using Arctic coastal sediment bacteria has gained attention, particularly Rhodococcus species that play key roles in hydrocarbon degradation under extreme conditions. This study investigates the hydrocarbon degradation capabilities of a novel cryophilic Arctic Rhodococcus sp. strain R1B_2T isolated from Canadian high Arctic beach sediment in Resolute Bay, exposed to ultra-low sulphur fuel oil for 3 months at 5°C. Comparative transcriptomics analyses revealed dynamic responses and metabolic plasticity, with upregulation of genes for aliphatic, aromatic, and polycyclic aromatic hydrocarbons, biosurfactant production (e.g., rhamnolipid), cold adaptation, and stress responses. The strain possesses several key alkane degradation genes (alkB, almA, CYP153, ladA), with co-expression network analysis highlighting synergistic mechanisms between alkB and CYP153 that target different chain-length alkanes (alkB: ~C5-C20; CYP153: ~C5-C12 and > C30), demonstrating complementary degradation strategies. The findings reveal adaptive mechanisms and degradation kinetics of native Arctic bacteria, highlighting the potential of Arctic cryophilic and halotolerant Rhodococcus species for oil spill remediation in polar marine environments.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».