DNA barcoding reveals overlooked species diversity in rays and sharks of Côte d'Ivoire
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Rays and sharks are increasingly at risk of extinction due to anthropogenic pressures, including industrial fishing, bycatch and habitat degradation, and climate change. Their slow life histories and challenges in accurate species identification further hinder effective conservation. This study focused on ray and shark species along the coast of Côte d’Ivoire, aiming to achieve more accurate taxonomic resolution to improve specimen identification. To achieve this, we employed an integrative taxonomic approach combining morphological analyses and genetic data from two mitochondrial markers: COI (cytochrome c oxidase subunit I) and NADH2 (NADH dehydrogenase subunit 2), in order to describe the diversity of elasmobranchs landed, identify potential species complexes requiring further investigation, and assess the vulnerability of the captured elasmobranchs. Our study included 220 specimens of rays and sharks collected from 11 landing sites between February 2022 and September 2024. Sequence analysis revealed 32 Barcode Index Numbers (BINs), 11 of which were newly recorded in the Barcode of Life Data System (BOLD). Several unidentified genetic lineages were detected, suggesting the presence of cryptic species, misidentified taxa or potential undescribed species, including Torpedo cf. torpedo, Aetomylaeus cf. bovinus, Gymnura cf. sereti, Raja cf. miraletus, and Squalus cf. blainville. Notably, most of the identified species are listed as threatened on the IUCN Red List. These findings underscore the urgent need for comprehensive taxonomic evaluations and reassessments of conservation statuses, while also highlighting the importance of incorporating molecular tools into national fisheries monitoring and management strategies.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».