Resolving replication incompatibility between chloroplast and conjugative plasmids in <i>E. coli</i>
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Chloroplast genomes present a promising chassis for engineering photosynthetic eukaryotes, but efficient delivery of large DNA constructs back into the organelle remains a major technical barrier. Conventional transformation methods rely on purified DNA and physical force to drive uptake into the chloroplast, often resulting in DNA shearing and thus low transfer efficiency for large constructs. Bacterial conjugation offers an attractive alternative as this is an entirely in vivo process, enabling DNA transfer without any physical manipulation. To assess the feasibility of this approach, we attempted to generate an Escherichia coli donor strain carrying both the broad-host-range conjugative plasmid pTA-Mob (52.7 kb) and the cloned Phaeodactylum tricornutum chloroplast genome (pPt_Cp, 132.9 kb). Unexpectedly, pTA-Mob and pPt_Cp proved incompatible: co-maintenance could not be achieved via electroporation, and conjugation with a self-transmissible pTA-Mob variant resulted in a ∼10□-fold decrease in transfer efficiency. Systematic testing of pTA-Mob and pPt_Cp plasmid variants as well as sequence analysis of evolved transconjugants revealed that the incompatibility arose from the pBBR1 replicon present in pTA-Mob. Guided by these insights, we identified an alternative conjugative plasmid, pRL443, that was compatible with pPt_Cp. Together, these findings provide a framework for dissecting plasmid incompatibility when working with large constructs and establish a functional conjugative system capable of mobilizing the P. tricornutum chloroplast genome.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».