Upper and Lower Respiratory Tract Compartmentalization in Pediatric Stem Cell Transplantation
Notice bibliographique
Résumé
RATIONALE: Lung injury after hematopoietic stem cell transplantation (HCT) occurs due to infection, chemotherapy toxicity, and alloreactive inflammation. Analyses of bronchoalveolar lavage (BAL) fluid have revealed dominant pathobiologic signatures, but minimally-invasive diagnostics are needed. OBJECTIVES: To determine whether microbiome and gene expression perturbations are shared along the respiratory tract or isolated to the alveoli in pediatric HCT patients with lung injury. METHODS: We performed bulk RNA sequencing on 206 paired nasal and BAL samples from 160 HCT patients and 17 healthy controls enrolled at 28 children's hospitals (2016-2025). Microbial and human transcripts were compared using multivariable models accounting for age, sex, and paired sampling. MEASUREMENTS AND MAIN RESULTS: HCT BAL and nasal transcriptomes differed across 13,698 genes, 48 cellular components, and network interactions linking inflammation, reactive oxygen species, and immunometabolism. Minimal BAL-nasal correlation was observed in gene expression levels (median ρ = 0.03, IQR -0.03 to 0.08) or fractional abundance of key cells such as neutrophils and CD8 + T-cells. BAL microbiomes harbored fewer commensal bacteria and more fungi and DNA viruses. BAL bacterial RNA was associated with diminished immune signaling whereas nasal bacterial RNA aligned with inflammatory gene expression. Further, only BAL microbial RNA was linked to transcriptional shifts in epithelial injury response, keratinization, and collagen deposition. Finally, BAL commensal microbiome depletion, epithelial injury, and immune dysregulation signatures were associated with death or prolonged mechanical ventilation, whereas nasal samples provided minimal prognostic information. CONCLUSIONS: These data support alveolar compartmentalization in pediatric HCT and emphasize the ongoing need for minimally-invasive but informative diagnostics.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».