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Enregistrement W4415350413 · doi:10.1021/acs.jcim.5c01125

A Graph-Based Machine Learning Framework for Predicting Physicochemical Properties of Antiviral Drugs via Topological Indices

2025· article· en· W4415350413 sur OpenAlexaff
Iftikhar Haider, Mingchu Li, Muhammad Kamran Jamil, A Chuan Li

Notice bibliographique

RevueJournal of Chemical Information and Modeling · 2025
Typearticle
Langueen
DomaineComputer Science
ThématiqueComputational Drug Discovery Methods
Établissements canadiensToronto Metropolitan University
Organismes subventionnairesNational Natural Science Foundation of China
Mots-clésTopological indexMolecular descriptorPipeline (software)Quantitative structure–activity relationshipMatthews correlation coefficientCorrelation coefficientTopology (electrical circuits)ScalabilityPolar surface area

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

This research develops a two-stage machine learning framework for predicting physicochemical properties of antiviral drugs through quantitative structure-property relationship (QSPR) modeling. We analyzed a diverse data set of 59 antiviral compounds, leveraging SMILES-based molecular descriptors to predict the first stage six topological indices: First Zagreb, Second Zagreb, ABC, Randic, Harmonic, and Forgotten. The models that provided predictions closest to the actual topological index values were employed in the second stage to estimate six physicochemical properties: molar refractivity, polar surface area, polarizability, molar volume, molecular weight, and complexity. This framework showed high predictive performance, achieving coefficient of determination of 0.9950 for molecular weight and 0.9891 for polarizability. Correlation analysis demonstrated strong relations between the topological indices and molecular properties, with the Randic index having the highest at 0.9969. A comparison with previous studies was conducted to evaluate the effectiveness of the proposed framework. This integrated pipeline provides an accurate, interpretable, and scalable framework for QSPR-based prediction of physicochemical properties in antiviral drugs.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Simulation ou modélisation · Signal consensuel: Simulation ou modélisation
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,399
Score d'incertitude au seuil0,282

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,001
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,026
Tête enseignante GPT0,301
Écart entre enseignants0,275 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSimulation ou modélisation
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2025
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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