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Enregistrement W4415352928 · doi:10.1101/2025.10.19.683322

AquaX: An enhanced and revised AquaMaps framework to model marine species distributions and biodiversity

2025· preprint· W4415352928 sur OpenAlexaff
Gabriel Reygondeau, Yulia Egorova, Kristina Boerder, Derek P. Tittensor, Kristin Kaschner, Kathleen Kesner‐Reyes, Nicolas Bailly, William W. L. Cheung

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2025
Typepreprint
Langue
DomaineEnvironmental Science
ThématiqueSpecies Distribution and Climate Change
Établissements canadiensFisheries and Oceans CanadaDalhousie UniversityUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésBiodiversityEnvironmental niche modellingSpecies distributionRange (aeronautics)HabitatBiogeographyEcological nicheAquatic biodiversity researchEcosystemGlobal biodiversity

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Marine biodiversity underpins ecosystem health and is critical for the provision of essential ecological services. Global efforts to mitigate biodiversity loss are underway but require comprehensive knowledge on the biogeography of species to be effective. However, key challenges limit comprehensive mapping of species distributions, including the complexity of ocean ecosystems and the difficulty of sampling the marine realm. Global initiatives such as AquaMaps pioneered large-scale marine species mapping using species distribution models or Ecological Niche models and provided the knowledge base for effective marine conservation and management. Recently, methodological and data advances have enabled a more modern and robust approach that enables higher resolution outputs more suited to conservation applications at all scales. Building on AquaMaps, we develop a next-generation marine species habitat suitability modelling platform called AquaX, providing a suite of advances that include an ensemble of ten machine learning algorithms, enabling spatial uncertainty assessments, validation indices, and ecological niche representation at a ten-fold improved spatial resolution of 0.05°. Furthermore, AquaX integrates (i) accepted taxonomy from the World Register of Marine Species, (ii) species-specific ecological, physiological, and biogeographical information (D3-Ocean system), (iii) updated occurrence records validated through expert input, and (iv) refined species range maps using expert knowledge and biogeographical divisions. AquaX also projects species’ habitat suitability for both present and future conditions based on two time periods and three climate scenarios. This work provides species range maps for numerous species compared to previously available datasets and improves the accurate use of observational data. The approaches described here improve predictive accuracy at scales more relevant to marine biodiversity conservation and offer an openly accessible tool to support marine biodiversity research and conservation planning under accelerating environmental change. AquaX represents an important step forward in species distribution modeling, enabling researchers and policymakers to better understand marine biodiversity patterns and develop more effective conservation strategies.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,002
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Simulation ou modélisation · Signal consensuel: Simulation ou modélisation
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: Méthodes
Score de désaccord entre enseignants0,027
Score d'incertitude au seuil0,054

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,002
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0020,002
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0050,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,021
Tête enseignante GPT0,231
Écart entre enseignants0,209 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSimulation ou modélisation
Domainenon disponible
GenreMéthodes

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2025
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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