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Enregistrement W4415354282 · doi:10.1101/2025.10.20.683404

A high-coverage genome from a 200,000-year-old Denisovan

2025· preprint· W4415354282 sur OpenAlexaff
Stéphane Peyrégne, Diyendo Massilani, Yaniv Swiel, Michael James Boyle, Leonardo Nicola Martin Iasi, Arev P. Suemer, Alba Bossoms Mesa, Cesare de Filippo, Bence Viola, Elena Essel, Sarah Nagel, Júlia Richter, Antje Weihmann, Barbara Schellbach, Hugo Zeberg, Johann Visagie, М.B. Kozlikin, Michael V. Shunkov, А. П. Деревянко, Benjamin M. Peter, Matthias Meyer, Svante Pääbo, Janet Kelso

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2025
Typepreprint
Langue
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueForensic and Genetic Research
Établissements canadiensUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesUppsala Multidisciplinary Center for Advanced Computational ScienceScience for Life LaboratoryRussian Science FoundationVetenskapsrådetMax-Planck-GesellschaftKnut och Alice Wallenbergs Stiftelse
Mots-clésPopulationGenomeGenetic genealogyGenetic dataOut of africa

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Denisovans, an extinct sister group of Neandertals who lived in Eastern Eurasia during the Middle and Late Pleistocene, are known only from a handful of skeletal remains and limited genetic data, including the high-coverage genome of a woman who lived ∼65,000 years ago. Here, we present a second high-quality Denisovan genome, reconstructed from a molar found at Denisova Cave. It belonged to a man who lived ∼200,000 years ago in a small Denisovan group. This group mixed with early Neandertals and was then replaced by Denisovans who had mixed with later Neandertals. We show that in addition Denisovans received gene flow from hominins that diverged before the split of the ancestors of Denisovans and modern humans. The two Denisovan genomes allow us to disentangle Denisovan ancestry in present-day humans revealing contributions from at least three distinct Denisovan groups. In particular, Oceanians and South Asians independently inherited DNA from a deeply diverged Denisovan population which was likely isolated in South Asia. This supports an early migration of the ancestors of Oceanians through South Asia followed by the later arrival of the ancestors of present-day South Asians. East Asians do not share this Denisovan component in their genomes, suggesting that their ancestors arrived independently, perhaps by a northerly route. Finally, the two high-quality Denisovan genomes allow us to refine the catalogue of genetic changes that arose on the Denisovan lineage, some of which were contributed to present-day humans.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict), Intégrité de la recherche
Catégories consensuellesMéta-épidémiologie (sens strict)
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,227
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0020,002
Méta-épidémiologie (sens large)0,0020,001
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0020,003
Intégrité de la recherche0,0020,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,009
Tête enseignante GPT0,225
Écart entre enseignants0,216 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; les deux têtes enseignantes s’accordent sur ce qui est montré ici.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations4
Publié2025
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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