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Enregistrement W4415354832 · doi:10.1101/2025.10.20.683358

Industrialization drives convergent microbial and physiological shifts in the human metaorganism

2025· preprint· en· W4415354832 sur OpenAlexafffund
Mathilde Poyet, Malte Rühlemann, Ana Paula Schaan, Yue Ma, Lucas Moitinho‐Silva, Eike Matthias Wacker, Hannah Jebens, Lucas Patel, Le Thanh Tu Nguyen, Alexis Zimmer, Damian R. Plichta, Daniel McDonald, Christine Stevens, Adwoa Agyei, Mary Afihene, Shadrack Osei Asibey, Yaw Asante Awuku, Aïda Sadikh Badiane, Lee S. Ching, Chris Corzett, Awa B. Dème, Manuel Domínguez‐Rodrigo, Amoako Duah, Alain Fezeu, Alain Froment, Sean M. Gibbons, Catherine Girard, Jeff Hooker, Fatimah Alibrahim, Deborah Iqaluk, Vanessa A. Juimo, Pinja Kettunen, Sophie Lafosse, Ernest Lango-Yaya, Jenni Lehtimäki, Yvonne Ai Lian Lim, Audax Mabulla, Varocha Mahachai, Rihlat Saïd-Mohamed, Katya Moniz, Ivan E. Mwikarago, Yvonne Ayerki Nartey, Daouda Ndiaye, Mary Noel, Charles Onyekwere, Tan M. Pin, Amelie Plymoth, L. E. J. Roberts, Lasse Ruokolainen, John Rusine, Laure Ségurel, B. Jesse Shapiro, Shani Sigwazi, Ainara Sistiaga, Kenneth Valles, Tommi Vatanen, Ratha-korn Vilaichone, Philip Rosenstiel, John Baines, Andre Franke, David Ellinghaus, Robert J. Knight, Mark Daly, Ramnik J. Xavier, Eric J. Alm, Mathieu Groussin

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2025
Typepreprint
Langueen
DomaineEnvironmental Science
ThématiqueHealth, Environment, Cognitive Aging
Établissements canadiensMcGill UniversityMcGill Genome CentreGovernment of NunavutUniversité de MontréalUniversité LavalCenter for Northern StudiesUniversité du Québec à Montréal
Organismes subventionnairesNatural Resources CanadaAgence Nationale de la RechercheHORIZON EUROPE Framework ProgrammeCanada Research ChairsNational Institutes of HealthUniversité de StrasbourgHorizon 2020 Framework ProgrammeDeutsche ForschungsgemeinschaftEuropean CommissionBroad InstituteUniversity of California, San DiegoNational Institute of General Medical SciencesMassachusetts General Hospital
Mots-clésIndustrialisationMicrobiomeHost (biology)Human microbiomeDiseaseDeveloped countryRestructuring

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Understanding how host lifestyle and industrialization shape the human gut microbiome and intestinal physiology requires multimodal analyses across diverse global host contexts. Here, we generate multivariate data from the Global Microbiome Conservancy cohort, including gut microbiome, IgA-sequencing, host genotyping, diet, lifestyle and fecal biomarker profiles, to investigate host-microbiome interactions across gradients of industrialization and geography. We show that industrialization is associated with homogenized microbial compositions, reduced microbial diversity, and lower community stability, independent of host confounders. We further show that industrialization is linked to elevated markers of gut stress, increased IgA secretion, and altered patterns of IgA-bacteria interactions. Finally, we show that microbiome-based disease predictors trained on industrialized populations lose accuracy in less industrialized cohorts, highlighting limited cross-population transferability. Together, our results suggest profound restructuring of host-microbiome interactions due to industrialized lifestyles, and emphasize the need for inclusive, globally representative data to improve translational microbiome applications across diverse human populations.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,903
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,029
Tête enseignante GPT0,250
Écart entre enseignants0,220 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2025
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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