Identification of PP2C gene family and its role in stress and adversity based on T2T flax (Linum usitatissimum L.) genome
Notice bibliographique
Résumé
The PP2C gene family plays crucial roles in plant growth, development, and responses to biotic/abiotic stresses. Flax (Linum usitatissimum L.), as an important oilseed and fiber crop, lacks comprehensive characterization of its PP2C genes. In this study, we conducted a genome-wide bioinformatics analysis of the PP2C gene family in flax using the Telomere to Telomere (T2T) genome assembly, identifying 117 LuPP2C genes. Phylogenetic analysis classified these LuPP2C proteins into 11 distinct subclades. Gene structure and motif analyses revealed conserved exon-intron architectures and motif compositions among members within the same phylogenetic branches. Cis-regulatory element analysis of LuPP2C promoters identified abundant stress-responsive elements, including those associated with plant hormones (MeJA and ABA) and abiotic stresses (anaerobic induction, drought responsiveness, and low-temperature adaptation). Genomic duplication events revealed 104 segmental duplication pairs, suggesting expansion through large-scale duplication. miRNA target prediction identified lus-miR395 as the predominant miRNA targeting LuPP2C family members. Expression profiling demonstrated preferential expression of most LuPP2C members in leaf tissues. Quantitative real-time PCR (qRT-PCR) analysis further revealed that subfamily A genes, particularly LuPP2C26 and LuPP2C99, were significantly upregulated under cold, drought, and salt stress conditions. Functional validation through heterologous expression confirmed that overexpression of LuPP2C26 and LuPP2C99 enhances salt tolerance in yeast transformants. These findings systematically characterize the flax PP2C family and provide insights into its potential roles in stress adaptation mechanisms.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».