Comparative Genomics of the Lipid Droplet-Associated Protein Seipin Across Eukaryotic Diversity Illuminates An Ancient Origin and Conserved Structural Diversity
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Lipid droplets (LDs) are ubiquitous across living organisms. Characterised in eukaryotes by their lipid monolayer and essential for lipid storage and metabolism in animals, plants, and yeast, little is known about the evolutionary diversity of extant LDs across the eukaryotic tree of life. LDs facilitate an impressive variety of cellular functions outside of just lipid storage; in Metazoa, these include stress responses, cellular signaling, and membrane remodeling. Likewise, the distribution of these functions across eukaryotic diversity is unknown. We have examined the evolutionary trajectory of seipin, a protein associated with LD biogenesis, across eukaryotic diversity. We have identified a pan-eukaryotic distribution of seipin, with an evolutionary pattern that indicates presence in the Last Eukaryotic Common Ancestor. Ancient conservation of multiple variants of seipin suggests that seipin may multiple conserved functional roles within the cell. Finally, we identify a lack of sequence homology between BSCL2/seipin in Homo sapiens and the sei-1 gene previously identified as a functional homologue of BSCL2 in Saccharomyces cerevisiae . Though our results suggest that sei-1 may be a highly divergent homologue of BSCL2 / seipin rather than an unrelated protein, the divergence suggests that researchers may need to be cautious applying results obtained in Saccharomyces spp. . Visual abstract
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».