Chromosome‐scale genome assembly of the South American fruit fly, <i>Anastrepha fraterculus</i> sp.1
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
Anastrepha fraterculus is a cryptic species complex with at least eight morphotypes distributed across the Americas. Among them, A. fraterculus sp.1, present in Argentina, is a major pest impacting fresh fruit production. Integrated pest management strategies, including chemical control and trapping, are currently employed to mitigate its effects. Genetic sexing strains of A. fraterculus sp.1 are being evaluated for use in sterile insect technique programs. To support traditional and emerging control methods, this study aimed to enhance the genomic understanding of this morphotype. Individual female and male samples were sequenced using long- and short-read technologies. The female genome (760 Mb) was de novo assembled into 58 scaffolds and the male genome (750 Mb) into 68 scaffolds, with BUSCO completeness scores of 98.8% and 98.7%, respectively. Synteny analysis revealed complete scaffolds of the five autosomes and enabled near-complete reconstruction of the X and Y chromosomes. Gene prediction identified 17 751 and 16 535 protein-coding genes (for female and male genomes, respectively), with repetitive regions representing 46% of both genomes. Additionally, the mitochondrial genome was fully assembled and annotated. This comprehensive genomic resource reveals candidate genes for functional studies, including gene editing and RNA interference, as successfully applied in related tephritid species. These findings lay the foundation for innovative, complementary biocontrol tools against A. fraterculus.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle