Genetic parameters and QTL mapping for novel metabolic traits in early-lactation Holsteins
Notice bibliographique
Résumé
Early lactation in dairy cows is characterized by negative energy balance and compromised immune function that could lead to metabolic or inflammatory diseases. Circulating biochemical blood variables are increasingly used as indicators of metabolic and inflammatory diseases in many species. This study aimed to estimate genetic parameters and identify candidate genes and quantitative trait loci (QTL) associated with serum proteins (total protein, albumin, globulin, and albumin-to-globulin ratio), liver enzymes (gamma-glutamyltransferase [GGT], aspartate-amino-transferase [AST], glutamate dehydrogenase [GLDH]) and other serum variables (glucose, urea, nonesterified fatty acids [NEFA], β-hydroxybutyric acid [BHBA], and cholesterol). The study population consisted of genotyped lactating Holsteins (938 cows with 80,709 single nucleotide polymorphisms [SNPs]) and serum concentrations of biochemical variables sampled at 2-14 days in milk (DIM) from 11 commercial farms in Alberta. The heritability of the serum variables ranged from 0.04 to 0.35, with cholesterol the most heritable (0.35 ± 0.07), while both glucose and urea were the least heritable (0.04 ± 0.05). Strong genetic correlations were observed between NEFA and GGT (0.78 ± 0.34), AST (0.74 ± 0.29), and BHBA (0.70 ± 0.26). Genome-wide association studies (GWAS) identified 45 and 7 SNPs associated with GGT and cholesterol concentrations, respectively. Candidate genes and QTLs within 100 kb up- and downstream of significant SNPs were detected for GGT and cholesterol. Multiple candidate genes and QTLs in the identified regions are implicated in pathways influencing metabolic disorders, production, and fertility in lactating dairy cows. Overall, the results showed low-to-moderate heritability and identified candidate genes and QTL regions associated with serum GGT and cholesterol. These results have potential utility in efforts to enhance the resilience of dairy cows through genetic selection.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».