Candida albicans phylogenetics: historical context and recent advances
Notice bibliographique
Résumé
Candida albicans is a prevalent opportunistic fungal pathogen that typically resides as a commensal in multiple niches in the human body. C. albicans exhibits substantial phenotypic and genotypic diversity, driven by standard mutational events and genomic mechanisms such as loss of heterozygosity, aneuploidy, and a parasexual cycle. For the past 60 years, efforts have been made to characterize intrapopulation diversity to identify C. albicans relatedness groups. The methods used for strain delineation have transitioned from low-resolution phenotypic typing methods to more robust sequence-based approaches, including multilocus sequence typing (MLST) and, more recently, whole-genome sequencing (WGS). MLST provided the first widely adopted framework for phylogenetic classification, distinguishing genetically distinct clusters among C. albicans isolates. However, in recent years, WGS has offered improved resolution, revealing evidence of gene flow and recombination. These methodological advances have also enhanced our understanding of population structure and associated traits, including antifungal resistance and virulence. This review traces the development of methods used to characterize genetic phenotypic and diversity in C. albicans , outlines current common practices in describing its population structure, and highlights opportunities for greater consistency in how phylogenetic clusters are named and defined.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,006 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,006 | 0,009 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,002 |
| Communication savante | 0,003 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».