Characterization of a phosphoinositide-binding protein containing a PHOX homology domain in the malaria parasite Plasmodium falciparum
Notice bibliographique
Résumé
Phosphoinositides (PIPs), are key regulators of membrane identity and vesicular trafficking. By dynamically shaping the lipid composition of intracellular membranes, PIPs help ensure the specificity of cargo delivery. In apicomplexan parasites such as Plasmodium falciparum, the biogenesis of the specialized secretory organelles involved in erythrocyte invasion (named rhoptries, micronemes, and dense granules), remains poorly understood, particularly regarding how proteins are sorted and specifically targeted to their respective destinations. Our hypothesis is that PIPs might play a role in this process. We here present our characterization of the P. falciparum protein Pf3D7_0704400, a putative PIP-binding protein containing a PX domain. We named this protein PfPX2, following the previously characterized PX domain-containing protein PfPX1. In silico structural analysis revealed that the PfPX2 PX domain contains both canonical and non-canonical PIP-binding motifs and a positively charged binding pocket. Lipid binding assays showed that the PfPX2 PX domain can bind all species of PIPs with a preference for PI3P, PI5P and PI(3,5)P2. Immunofluorescence assays demonstrated that PfPX2 localized to the Golgi apparatus and the micronemes in developing schizonts. Moreover, proximity labelling enabled the identification of protein such as PfSortilin, the clathrin heavy chain and PfDyn1 as potential interactors of PfPX2. Globally, these data suggest that PfPX2 is a PIP-binding protein potentially implicated in vesicular trafficking between the Golgi apparatus and the micronemes. Our bioinformatics analyses identified PX2 orthologues across apicomplexans and indeed other alveolates, raising the possibility that this protein plays a role in a broad range of medically, agriculturally, and environmentally relevant organisms.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».