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Enregistrement W4415459550 · doi:10.1016/j.neuroimage.2025.121554

Image-based meta- and mega-analysis (IBMMA): A unified framework for large-scale, multi-site, neuroimaging data analysis

2025· article· en· W4415459550 sur OpenAlexaff
N. C. Steele, Ashley A. Huggins, Rajendra A. Morey, Ahmed Hussain, Courtney Russell, Benjamin Suarez‐Jimenez, Elena Pozzi, Hadis Jameei, Lianne Schmaal, Ilya M. Veer, Lea Waller, Neda Jahanshad, Sophia I. Thomopoulos, Lauren E. Salminen, Miranda Olff, Jessie L. Frijling, Dick J. Veltman, Saskia B.J. Koch, Laura Nawijn, Mirjam van Zuiden, Li Wang, Ye Zhu, Gen Li, Dan J. Stein, Jonathan Ipser, Yuval Neria, Xi Zhu, Orren Ravid, Sigal Zilcha‐Mano, Amit Lazarov, Jennifer S. Stevens, Kerry J. Ressler, Tanja Jovanović, Sanne J.H. van Rooij, Negar Fani, Sven C. Mueller, Anna R. Hudson, Judith K. Daniels, Anika Sierk, Antje Manthey, Henrik Walter, Nic J.A. van der Wee, Steven J.A. van der Werff, Robert Vermeiren, Christian Schmahl, Julia Herzog, Ivan Rektor, Pavel Říha, Milissa L. Kaufman, Lauren A. M. Lebois, Justin T. Baker, Isabelle M. Rosso, Elizabeth A. Olson, Anthony King, Israel Liberzon, Nicholas D. Davenport, Seth G. Disner, Scott R. Sponheim, Thomas Straube, David Hofmann, Guangming Lu, Rongfeng Qi, Xin Wang, Austin Kunch, Hong Xie, Yann Quidé, Wissam El‐Hage, Shmuel Lissek, Hannah Berg, Steven E. Bruce, Josh M. Cisler, Marisa Ross, Ryan J. Herringa, Daniel W. Grupe, Jack B. Nitschke, Richard J. Davidson, Christine Larson, Terri A. deRoon‐Cassini, Carissa W. Tomas, Jacklynn M. Fitzgerald, Jeremy A. Elman, Matthew S. Panizzon, Carol E. Franz, Michael J. Lyons, William S. Kremen, Brandee Feola, Jennifer Urbano Blackford, Bunmi O. Olatunji, Geoffrey May, Evan M. Gordon, Chadi G. Abdallah, Ruth A. Lanius, Maria Densmore, Jean Théberge, Richard W. J. Neufeld, Paul M. Thompson, Delin Sun

Notice bibliographique

RevueNeuroImage · 2025
Typearticle
Langueen
DomaineNeuroscience
ThématiqueFunctional Brain Connectivity Studies
Établissements canadiensWestern University
Organismes subventionnairesNational Center for Advancing Translational SciencesNational Center for Research ResourcesNational Institute of Child Health and Human DevelopmentNational Institute of Biomedical Imaging and BioengineeringNational Institute of Mental HealthNational Institute on AgingNational Social Science Fund of ChinaNational Center for PTSD, U.S. Department of Veterans AffairsInstitute for Clinical and Translational Research, University of Wisconsin, MadisonFondation Pierre Deniker pour la Recherche et la Prévention en Santé MentaleFonds Spéciaux de RechercheNational Institutes of HealthMinistry of EducationNatural Science Foundation of Jiangsu ProvinceBijzonder Onderzoeksfonds UGentMinisterstvo Zdravotnictví Ceské RepublikyGovernment of Jiangsu ProvinceInstitute of Psychology, Chinese Academy of SciencesUniversiteit GentCongressionally Directed Medical Research ProgramsEunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health and Human DevelopmentMcLean HospitalAgentura Pro Zdravotnický Výzkum České RepublikyZonMwNational Alliance for Research on Schizophrenia and DepressionChinese Academy of SciencesMinisterstvo Školství, Mládeže a TělovýchovyAcademisch Medisch CentrumDeutsche ForschungsgemeinschaftU.S. Department of Veterans AffairsSouth African Medical Research CouncilMichael J. Fox Foundation for Parkinson's ResearchNational Natural Science Foundation of ChinaWaisman CenterU.S. Department of DefenseNational Science Foundation
Mots-clésNeuroimagingPython (programming language)Missing dataSoftwareStatistical modelStatistical analysis

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

• IBMMA efficiently handles large-scale datasets with parallel processing. • Streamlines meta- and mega-analysis workflows through an automated pipeline. • Robustly handles missing voxel-data common in multi-site neuroimaging datasets. • Enables diverse statistical designs beyond the constraints of traditional software. The increasing scale and complexity of neuroimaging datasets aggregated from multiple study sites present substantial analytic challenges, as existing statistical analysis tools struggle to handle missing voxel-data, suffer from limited computational speed and inefficient memory allocation, and are restricted in the types of statistical designs they are able to model. We introduce Image-Based Meta- & Mega-Analysis (IBMMA), a novel software package implemented in R and Python that provides a unified framework for analyzing diverse neuroimaging features, efficiently handles large-scale datasets through parallel processing, offers flexible statistical modeling options, and properly manages missing voxel-data commonly encountered in multi-site studies. IBMMA successfully analyzed a large- n dataset of several thousand participants and revealed findings in brain regions that some traditional software overlooked due to missing voxel-data resulting in gaps in brain coverage. IBMMA has the potential to accelerate discoveries in neuroscience and enhance the clinical utility of neuroimaging findings.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,043
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,106
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMétarecherche
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Théorique ou conceptuel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: Méthodes
Score de désaccord entre enseignants0,957
Score d'incertitude au seuil0,226

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0430,106
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0050,004
Méta-épidémiologie (sens large)0,0050,011
Bibliométrie0,0090,008
Études des sciences et des technologies0,0020,002
Communication savante0,0080,004
Science ouverte0,0080,009
Intégrité de la recherche0,0030,006
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0190,007

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,115
Tête enseignante GPT0,357
Écart entre enseignants0,242 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Devis d'étudeThéorique ou conceptuel
DomaineMéthodes
GenreMéthodes

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations3
Publié2025
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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