Identifying putative calcification and decalcification genes in the geniculate coralline alga, <i>Calliarthron tuberculosum</i>
Notice bibliographique
Résumé
Coralline algae form highly calcified thalli, creating key substrate that promotes biodiversity in nearshore marine environments. Although calcification and decalcification are critical for coralline growth and ecological function, their underlying mechanisms are not fully understood. We capitalized on the unique morphology of articulated coralline algae, assembling tissue-specific transcriptomes for calcified (intergenicular), uncalcified (genicular), and actively decalcifying (young genicular) tissues in the coralline alga Calliarthron tuberculosum and compared gene expression to identify putative calcification and decalcification genes. We captured the greatest differences in gene expression between calcified and uncalcified tissue, with 17.7% (5238 genes) of the genes in the transcriptome differentially expressed, the majority of which (10.9%) were upregulated in calcified tissue. There were also significant differences between decalcifying and uncalcified tissue, with 14.3% (4420 genes) of the genes in the transcriptome differentially expressed. We used functional gene annotation to identify 18 putative calcification genes and 10 putative decalcification genes. Results showed calcium-binding proteins, a vacuolar calcium transporter, and a calcium ATPase may be important for transporting calcium ions during calcification, whereas a proton ATPase may be important for maintaining pH homeostasis in calcified tissue. Additional genes for hydrogen ion transport were highly expressed in uncalcified tissues, including a sodium/hydrogen exchanger and hydrogen pump, which may be important for accumulating hydrogen ions to maintain uncalcified tissues. Differential expression of carbonic anhydrases and aquaporins indicated potential mechanisms for dissolved inorganic carbon transport in calcified and uncalcified tissues. This study has created valuable molecular resources for coralline algae and lent new insights on mechanistic details surrounding calcification and decalcification.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».