Parietal Epithelial Cell Transcriptional Profiling from Pax2 Mutant Mice Is Consistent with Impaired Regeneration After Podocyte Injury
Notice bibliographique
Résumé
Background: Podocyte loss in glomerular disease is difficult to treat due to their terminal differentiation. Parietal epithelial cells (PECs), which express developmental markers like PAX2, may contribute to podocyte regeneration. Our previous work suggests impaired PEC-mediated repair in mice with a Pax2 missense mutation, which develop worsened FSGS after podocyte injury compared to controls. Here, we used single nucleus RNA sequencing (snRNA-seq) to investigate the molecular basis of this defect, focusing on PEC cell clusters post-injury. Methods: Glomeruli from Adriamycin-injured Pax2 mutant mice were isolated using Dynabeads, minimizing collagenous digestion to preserve the Bowman’s capsule for PEC enrichment, which are often missed in single cell RNA sequencing studies due to their sparsity. snRNA-seq (10X Genomics) was processed with Seurat in RStudio. Cell types were identified using canonical markers (Chung et al., JASN 2020), and Gene Ontology (GO) analysis was performed. Results: In PECs, GO analysis revealed downregulation of pathways essential for podocyte regeneration, including podocyte and glomerular epithelial development, adherens junction assembly, IL-6 signaling, Hippo signaling, and plasma membrane organization. These changes suggest impaired epithelial integrity, differentiation, and reparative signaling. In contrast, PECs showed upregulation of metabolic pathways (e.g., proline, glucuronate metabolism), possibly reflecting a maladaptive stress response. The POD/PEC cluster showed downregulated developmental, adhesion, and morphogenesis pathways, indicating impaired differentiation. Although anti-apoptotic signaling was upregulated in POD/PEC cells, this occurred without regenerative program activation. Conclusion: Together, these findings suggest that after Adriamycin-induced podocyte injury, PECs and transitional POD/PEC cells in Pax2 mutant glomeruli fail to activate key developmental programs needed for podocyte regeneration and instead adopt transcriptional states that are metabolically altered but likely not pro-reparative.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».