Does Laminopathy Include a Kidney Phenotype?
Notice bibliographique
Résumé
Background: Rare pathogenic variants in LMNA cause laminopathy phenotypes including muscular dystrophy, progeria, familial partial lipodystrophy, and cardiomyopathy. A kidney phenotype is not frequently associated with laminopathy. Methods: We employed three approaches: 1) systematic search of the literature for reports of kidney disease associated with laminopathy, 2) an evaluation of kidney-related traits in a cohort of 29 patients with familial partial lipodystrophy, and 3) a phenome-wide association study searching for traits associated with rare LMNA variants in the United Kingdom Biobank (UKBB). We employed gene-based burden testing to aggregate the effects of rare LMNA variants in UKBB exome sequencing data (n = 373,812). Rare missense and loss-of-function LMNA variants were weighted using AlphaMissense. Variant location relative to a well studied nuclear localization signal was also evaluated. Logistic regression and Cox proportional hazards models were adjusted for age, sex, ancestry, and comorbidities. Results: Ten patients with LMNA-associated kidney disease were found in the literature: 7 with focal segmental glomerulosclerosis, 2 with mesangioproliferative glomerulonephritis, and 1 without an established histological diagnosis. Among 29 patients with partial lipodystrophy (caused by LMNA R482Q and R482W), all had normal kidney function.Among 3,245 (0.87%) UKBB participants with a rare LMNA variant, there was an increased risk of AKI (hazard risk=1.55, 95% confidence interval (CI)=1.08-2.21, P=0.017) and albuminuria (odds ratio=3.58, 95% CI=1.55-8.27, P=0.003). Association with kidney traits was driven by variants upstream of the nuclear localization signal, an area classically associated with cardiomyopathy, in contrast to downstream variants associated with lipodystrophy. Conclusion: Rare pathogenic LMNA variants—particularly those upstream of the nuclear localization signal —are associated with AKI and proteinuria.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».