Impact of somatic <i>XIST</i> deletions on ongoing XIST expression and inactive X silencing and heterochromatin
Notice bibliographique
Résumé
The long non-coding RNA XIST is critical for establishing X-chromosome inactivation early in development. XIST remains expressed from the inactive X throughout female life; yet in somatic cells silencing of most genes continues in the absence of XIST. As changes in XIST expression are observed in cancers and aging we sought to examine the impact of complete or partial XIST loss on gene expression and chromatin structure in the hTERT RPE-1 cell line. XIST regulatory elements lie within the gene, with ongoing expression dependent on the A repeat region. Upon loss of XIST expression there was up-regulation of a subset of X-linked genes, with escape genes showing an average 20% increase in expression. Near full Xi-expression was found for MED14 and USP9X upon XIST loss, with partial up-regulation observed with the reduced XIST expression caused by removal of the F-repeat containing region or XIST delocalization following deletion of the E repeat region. Comparison with other studies of XIST loss in human cell lines revealed recurrent impact on escapees, while autosomal genes demonstrated no consistent XIST-dependencies. Loss of XIST in hTERT RPE-1 resulted in loss of H3K27me3 and H2AK119ub; however, independent inhibition of these pathways failed to upregulate MED14 and USP9X. In contrast, reduction of H3K9me3 caused partial reactivation of USP9X but not MED14, thus implicating a combinatorial action of silencing pathways in X-chromosome inactivation. Our work, in agreement with previous studies, reveals that in somatic cells XIST expression and localization suppresses the expression of escape genes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».