Uncovering functional INDELs responsible for splice sites in sheep with different immune profiles naturally exposed to gastrointestinal nematode infection
Notice bibliographique
Résumé
Gastrointestinal nematodes (GINs) are responsible for high morbidity and mortality rates in the sheep industry. This study aimed to identify functional INDELs responsible for splice sites using RNA-Sequencing from the liver tissue of sheep with different innate immune responses after being naturally exposed to GIN infection. Two GIN-naïve groups of lambs with divergent cortisol levels (high stress responders - HSR and medium stress responders - MSR) were naturally exposed to GIN during grazing. The animals were euthanized, and six HSR and six MSR, in addition to four immunological control animals (GIN-unexposed), were selected for RNA sequencing from liver tissue. Variant INDELs were identified, and variant consequences analysis was performed to identify INDELs responsible for splice site (SS). A total of 34,168 and 39,380 INDELs were identified for the HSR and MSR, respectively. From those, 1,614 and 2,980 INDELs were responsible for possible SS. The location of the INDELs yielded a list of 514 and 855 genes for HSR and MSR, respectively. Among these genes, the STAT6 and CFI genes were identified. The CFI gene was previously identified as differentially expressed in resistant lines of sheep exposed to GIN, and the STAT6 gene appears to play an important role in the immune response to helminths. The Terminal pathway of complement was enriched (FDR > 0.05) and could be playing a role in building an innate immune response to GIN infection. This study identified novel INDELS responsible for possible SS in genes that could be modulating the immune response to GIN in sheep. Furthermore, enriched immune-related pathways were discovered, suggesting previously uncharacterized components in the inflammatory response to GIN in sheep.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».