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Enregistrement W4415506496 · doi:10.1038/s41587-025-02859-7

Democratizing protein language model training, sharing and collaboration

2025· article· en· W4415506496 sur OpenAlexaff
Jin Su, Zhikai Li, Chenchen Han, Qingyan Yuan, Xuting Zhang, Yuyang Zhou, Xibin Zhou, Xing Chang, Shiyu Jiang, Dacheng Ma, Anthony Gitter, Milot Mirdita, Kevin Yang, Pascal Notin, Debora S. Marks, Pranam Chatterjee, Rohit Singh, Philip A. Romero, Michael Heinzinger, Jianming Liu, Jia Zheng, Stan Z. Li, An‐Ping Zeng, Huaizong Shen, Jijie Chai, Feng Ju, Noelia Ferruz, Anum Glasgow, Philip M. Kim, Christopher D. Snow, Vasilis Ntranos, Jianyi Yang, Liang Hong, Caixia Gao, Michael M. Bronstein, Fajie Yuan, Jiawei Zhang, Yuliang Fan, Yuyang Tao, Linqi Cheng, Xi Zheng, Lei Chen, Rui Long, Lingjie Kong, Zhongji Pu, Jiaming Guan, Tianyuan Zhang, Cheng Li, Martin Steinegger, Sergey Ovchinnikov

Notice bibliographique

RevueNature Biotechnology · 2025
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueMachine Learning in Bioinformatics
Établissements canadiensUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésLanguage modelTraining (meteorology)Language barrierTraining setDeep learning

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex
Aucun résumé dans les sources couvertes. Son absence est consignée, pas traitée comme un négatif.

Aucun résumé. Ce n'est pas une lacune de cette base de données : OpenAlex n'en a pas non plus. 23,3 % de la base est dans cet état, et le tri y repère MOITIÉ moins de métarecherche ; l'absence est donc un biais mesuré, et non un champ manquant.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,024
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,074
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesScience ouverte
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,992
Score d'incertitude au seuil0,126

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0240,074
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0020,002
Méta-épidémiologie (sens large)0,0030,002
Bibliométrie0,0020,002
Études des sciences et des technologies0,0030,003
Communication savante0,0050,015
Science ouverte0,0080,022
Intégrité de la recherche0,0040,007
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0070,005

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,004
Tête enseignante GPT0,272
Écart entre enseignants0,268 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations8
Publié2025
Routes d'admission1
Résumé présentnon

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