Molecular analysis of Cryptosporidium species in Western Australian human populations (2023–2025), and the emergence of rare C. hominis IeA11G3T3 subtype
Notice bibliographique
Résumé
Cryptosporidium species are an important cause of diarrhoeal disease worldwide. Many countries reported declines in cryptosporidiosis incidence during COVID-19 restrictions, followed by marked increases post-COVID. A similar pattern has been observed in Australia, with record-high case numbers reported across multiple states in 2024-2025, including Western Australia (WA), where an outbreak occurred in 2025. Between 1st January - 30th June 2025, WA reported a statewide total of 1110 human cryptosporidiosis cases, which is substantially higher than the previous years. In the present study, a subset of WA cases from 2025 was investigated using contact tracing and molecular typing and compared with subtypes circulating in 2023 and 2024. Sequence analysis of the 18S rRNA and gp60 loci identified three Cryptosporidium species: C. hominis (91.5 %, 108/118), C. parvum (6.8 %, 8/118), and C. meleagridis (1.7 %, 2/118), comprising 13 distinct subtypes, over the three years. Notably, a previously rare C. hominis subtype, IeA11G3T3, emerged in 2023 and by 2025 had become the dominant subtype (92.1 %, 70/76) of samples typed. Multi-locus sequence typing (MLST) of a representative subset of IeA11G3T3 isolates (n = 13) showed that all sequences were identical, except for one isolate from 2024, which contained three insertions: an 18-bp repeat in the cp-47 gene and both a 12-bp and a 6-bp repeat in the dz-hrgp gene. The C. hominis IeA11G3T3 subtype has also recently emerged as a dominant subtype in several other countries, although the factors driving its emergence remain unclear.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».