Gene Expression Profiling of Transcription Factors and Acclimation-Related Genes in Ribes spp.
Notice bibliographique
Résumé
The ability of Ribes species to survive the fluctuating winter and early spring conditions, relies on the regulation of transcription factors (TFs) and other key genes involved in the abiotic stress response. In this study, we developed specific primers for 33 stress-responsive genes, which may facilitate future functional studies in Ribes and other less-characterized lineages within the Saxifragales order. These genes were selected based on a comparative transcriptomic analysis of R. nigrum cv. Aldoniai and are known to function in cold acclimation and stress signaling pathways. We analyzed expression profiles of these 33 genes in R. aureum, R. hudsonianum, and R. nigrum microshoot cultures exposed to controlled cold stress, deacclimation and reacclimation treatments. Our results revealed species-specific genetic responses across acclimation cycles of varying durations (24–96 h). Cold stress induces molecular changes in three Ribes spp.; however, deacclimation triggered by transient warming significantly reduced freezing tolerance in R. nigrum, had a moderate effect on R. hudsonianum, and minor impact on R. aureum. Gene expression profiling revealed distinct, species-specific regulatory patterns among species during different stress cycles, highlighting conserved and specific genes in acclimation mechanisms within the Ribes spp. These findings contribute to a deeper understanding of transcriptional regulation under acclimation cycles in currants and provide molecular tools that may support breeding strategies aimed at enhancing cold tolerance in Ribes crops amid increasing climate variability.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».