Genome-wide association and DNA methylation analyses of SSRI treatment response in major depressive disorder
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Selective serotonin reuptake inhibitors (SSRIs) are first-line treatments for major depressive disorder (MDD); however, patient responses vary significantly. This study explored genetic and epigenetic factors linked to SSRI response to better understand this heterogeneity. METHODS: We performed a genome-wide association study (GWAS) in 852 MDD patients classified as SSRI responders or non-responders. A polygenic risk score (PRS) analysis was conducted to estimate the cumulative effect of common genetic variants. In a subset of 66 participants, genome-wide DNA methylation profiling was carried out using the Illumina Methylation EPIC array. Analyses included the identification of differentially methylated positions (DMPs) and regions (DMRs), as well as weighted gene co-methylation network analysis (WGCNA) and downstream pathway and protein–protein interaction (PPI) analyses. RESULTS: GWAS revealed several loci with suggestive associations, including intronic variants in SRCIN1 and NKAIN3, although none reached genome-wide significance. The PRS explained a small proportion of variance in SSRI response and did not yield statistically significant results. DNA methylation analysis identified nominally differentially methylated CpGs in genes involved in synaptic signaling and neurodevelopment (e.g., OLFM1, PTN, CACNB2, LHX6). In addition, WGCNA identified a co-methylation module that showed a trend-level association with SSRI response after adjustment for clinical covariates, and hub genes within this module were functionally linked to neuronal signaling in PPI network analysis. CONCLUSIONS: Although no single marker reached significance, the results suggest that synaptic plasticity and neurodevelopment may influence SSRI response. These genomic and epigenomic insights offer molecular clues that may inform future studies on the biological mechanisms underlying antidepressant response.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».