Temporal establishment of the colon microbiota in Angus calves from birth to post-weaning
Notice bibliographique
Résumé
During the peri- and early post-partum period, the gastrointestinal tract (GIT) of the calf is colonised by a diverse microbiota. In the colon, this microbial community contributes to digestive activities, immune modulation, and overall calf health and productivity. However, the current knowledge of temporal microbial establishment in the neonatal hindgut is limited. This study focused on the ontogeny of colon microbiota establishment in Aberdeen Angus cross beef calves located across two farms, from birth through to post-weaning. Colon digesta samples were obtained from calves euthanised on days D0 (n = 7), D7 (n = 7), D14 (n = 5), D21 (n = 7), D28 (n = 5), and D96 (n = 7) of life. 16S rRNA amplicon sequencing was used to determine prokaryotic community composition. The alpha (α) and beta (β) diversity were assessed with age and farm included as fixed effects. Bacterial α-diversity increased significantly with age, showing changes in relative abundance between D7 and later stages, including D21, D28, and D96 (each p < 0.0001). PERMANOVA analysis indicated no significant difference in microbial composition between D14 and D21 (P = 0.22), suggesting a period during which compositional changes were reduced, reflecting a temporary phase of relative similarity in the colon microbiota. However, weaning altered the colon microbiota, as evidenced by the differences were observed between D28 and D96 (P < 0.001) suggested compositional shifts associated with weaning, accompanied by increased α-diversity. These observations will help to inform the design of the future, large scale studies aimed at understanding how early life microbial dynamics influence calf health, welfare, and future productive performance.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».