Production of human cathepsins using <scp>Expi293™</scp> mammalian cell expression system for off‐target activity of cysteine protease inhibitor screening
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Following the SARS‐CoV‐2 pandemic, many direct‐acting antivirals targeting viral cysteine protease were developed. SARS‐CoV‐2, as well as other viruses, rely on cysteine proteases for their replication, suggesting future generations of antivirals targeting cysteine proteases will emerge. A major concern for these first‐generation drugs is the off‐target effects on host cysteine proteases. Therefore, screening for inhibitor specificity is a crucial step in antiviral drug development. Cathepsins are one of the most abundant human proteases, which have roles in maintaining cell health and are key to many physiological processes. Here we describe a general expression and purification protocol for cathepsins B, S, and L using the Expi293™ mammalian expression system. We characterized the glycosylation pattern and kinetic parameters of purified enzymes with commercially available cathepsin‐specific fluorogenic substrates and also established cathepsin inhibition screen assays. We tested specificity indices of peptidic inhibitors of SARS‐CoV‐2 M pro synthesized by our team and nirmatrelvir as a benchmark for all three cathepsins. Establishing a reliable cathepsin inhibition assay would assist with screening of newly developed cysteine protease inhibitors for off‐target activity within the scope of pandemic preparedness.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».