The interplay between glucose and aromatic compound regulation by two IclR-type transcription factors, LigR1 and LigR2, in Pseudomonas putida KT2440
Notice bibliographique
Résumé
Carbon utilization strategies are fundamental to microbial proliferation within complex ecosystems like the soil microbiome. These strategies dictate how microbes prioritize, and metabolize available carbon compounds, shaping community dynamics and ecological outcomes. Pseudomonas putida KT2440, a soil bacterium renowned for its metabolic versatility, exemplifies this adaptive capacity. However, the regulatory mechanism it employs to prioritize sugars vs aromatic compounds for their energy requirement remains poorly understood. Here, we investigated two IclR-type transcriptional regulators, LigR1 and LigR2, which control expression of the lig1 and lig2 operons. Functional analyses reveal that LigR1 and LigR2 activate lig1 but repress the lig2 operon. 4-hydroxybenzoate binding to LigR1 represses gene expression, whereas quinate, protocatechuate, and 4-hydroxybenzoate bind to LigR2 to induce lig2 operon expression. Additionally, ligR1 deletion causes growth defects on glucose and 4-hydroxybenzoate, accompanied by cell elongation and aggregation. We propose that the lig1 operon mediates dual influx of glucose and aromatics via its major facilitator superfamily transporter, while the lig2 operon catalyzes aromatic breakdown through a protocatechuate intermediate and meta-cleavage pathway, supplying oxaloacetate to the TCA cycle. Importantly, P. putida prioritizes shikimate pathway intermediates as energy sources under specific metabolic conditions, such as their accumulation. Overall, these findings redefine the metabolic flexibility of soil pseudomonads and reveal a novel mechanism for thriving in chemically diverse environments. By illuminating a dual regulatory system, our study offers new insight into microbial carbon flux and on the traditional biosynthetic paradigm of the shikimate pathway, revealing its unexpected role in supplying the organism with energy generating compounds.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».