CisBP-RNA: a web resource for eukaryotic RNA-binding proteins and their motifs
Notice bibliographique
Résumé
RNA-binding proteins (RBPs) are key mediators of post-transcriptional gene regulation, including splicing, transport, stability, and other facets of RNA metabolism. Many RBPs exert their function through sequence-specific protein-RNA interactions. RBP RNA-binding specificity models, or motifs, are thus essential for understanding post-transcriptional gene regulatory mechanisms. Here, we present CisBP-RNA (Catalog of inferred sequence Binding Preferences of RNA-binding proteins), a freely available web-based database that provides centralized access to eukaryotic RBP motif data. A key feature of CisBP-RNA is the availability of both experimentally determined motifs and motifs that are computationally predicted via our homology-based approaches. The current version of CisBP-RNA catalogs >148 000 sequence-specific RBPs across 690 eukaryotic species. Motifs are currently available for >34 000 of these RBPs. Motif data are available for download in a variety of formats for downstream computational analyses. In addition, CisBP-RNA provides user-friendly web-hosted tools to scan for predicted RBP binding sites, predicts motifs for a protein of interest, and compares a motif to motifs contained in the database. The CisBP-RNA database can be accessed through www.cisbp.org/rna/.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,003 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,006 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,057 | 0,078 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».