Sinorhizobium prairiense sp. nov., a nitrogen-fixing symbiont of Phaseolus vulgaris isolated from Canadian prairie soil
Notice bibliographique
Résumé
Three symbiotic bacteria (K101 T , C101 and M103) were obtained from nodule-trapping experiments using Phaseolus vulgaris, which was inoculated with soil samples from three distinct field sites in Manitoba, Canada. Here, we provide a phenotypic characterization and genomic analysis of these bacteria. Based on a core phylogeny (424 core genes), digital DNA–DNA hybridization and average nucleotide alignment, these isolates group within the Sinorhizobium clade and are closely related to Sinorhizobium meliloti . Each strain contains four replicons that include a chromosome (3.5 Mb), a putative chromid (1.7 Mb) and two plasmids (plasmid A, 0.56 Mb; plasmid B, 0.77 Mb). The chromosome, chromid and plasmid B are closely related to the replicons found in S. meliloti , as shown by phylogenies constructed from the concatenation of either the parAB genes for the chromosome or the repABC genes for the chromid and plasmid B. The remaining plasmid was found to group with a plasmid from Sinorhizobium americanum . Consistent with this, the nodulation genes on this plasmid were also more similar to those in S. americanum , as seen in a phylogeny generated from the concatenation of the nodABC genes. Examination of the nodC phylogeny suggests a close association with the mediterranensis symbiovar. All three isolates were capable of symbiotic nitrogen fixation with P. vulgaris . Based on genomic and phenotypic data, we propose these isolates as a novel species within the Sinorhizobium clade, named Sinorhizobium prairiense sp. nov., for which the type strain is K101 T (=LMG 33767 T =DSM 118657 T ).
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».