Genomic re-evaluation of clinical isolates reveals a structured <i>Streptococcus suis</i> complex
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Accurate species-level identification among Streptococcus suis and its close relatives remains challenging due to limited resolution of existing diagnostic tools and incomplete taxonomic frameworks. We investigated 61 isolates from diseased swine and three from cows identified as S. suis by MALDI-TOF MS, but which tested negative by a recN gene-based PCR assay commonly used for species confirmation. Whole-genome sequencing revealed that only four isolates were S. suis sensu stricto, while most others belonged to Streptococcus parasuis , Streptococcus ruminantium , Streptococcus iners , Streptococcus suivaginalis , Streptococcus hepaticus , and several other newly proposed Streptococcus species. Core genome phylogenies consistently resolved these novel taxa as monophyletic and taxonomically coherent. However, phylogenies based on the recN gene did not reliably track species boundaries due to limited resolution and recombination, which also affects diagnostic assays. As a proof of concept, we identified 38 genes conserved in ≥95% of S. suis sensu stricto genomes that may support future marker-based diagnostics. Our results confirm extensive taxonomic diversity among S. suis -like organisms, support the recognition of a broader S. suis complex, demonstrate the need for genome-based methods to distinguish its members, and provide evidence supporting the potential clinical significance of several newly recognized and recently proposed species within this complex. IMPORTANCE Several new species closely related genetically to Streptococcus suis have recently been formally recognized or proposed, raising the possibility that they form a broader, previously unrecognized S. suis complex. Yet most clinical laboratories still report such isolates simply as S. suis , due to the limited resolution of current diagnostic tools. Here, we show that two widely used methods, MALDI-TOF MS and a recN -based PCR used for molecular confirmation of MALDI-TOF MS results, can misidentify S. suis -like isolates. We analyzed 61 isolates from diseased swine and three from cows: all were classified as S. suis by MALDI-TOF MS but tested negative by the recN PCR. Exposing a major gap in current diagnostic frameworks, whole-genome sequencing revealed that most isolates were not S. suis sensu stricto but instead belonged to other recognized or recently proposed Streptococcus species. Most swine isolates were recovered from normally sterile sites, suggesting potential but unconfirmed pathogenic relevance. We provide genomic evidence supporting the proposal of a structured S. suis complex and identify S. suis sensu stricto-specific markers that may inform improved molecular diagnostics in the future. Our findings emphasize the need to modernize diagnostics to account for the true diversity and potential importance for animal health of this expanding group of taxa.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».