Mutational and Expression Profile of ZNF217, ZNF750, ZNF703 Zinc Finger Genes in Kenyan Women Diagnosed with Breast Cancer
Notice bibliographique
Résumé
Objective To characterize the mutational landscape and expression profiles of ZNF217, ZNF703, and ZNF750, and assess their clinical relevance in breast cancer patients from Kenya. Methods Whole-exome sequencing (WES) and RNA sequencing (RNA-Seq) data from 23 paired tumor–normal samples were analyzed in a Linux-based environment. Somatic mutations were identified using MuTect2 following alignment to the hg38 reference genome and annotation with VEP. Variants were classified by type, coding consequence, and protein position, and mapped to functional domains. Recurrent mutations were identified, and comparisons were made with The Cancer Genome Atlas (TCGA). Gene expression was quantified using STAR and featureCounts, normalized with DESeq2, and analyzed using paired statistical tests with multiple testing correction. Principal component analysis (PCA) and regression analyses were performed to assess expression patterns and clinical associations. Results ZNF217 and ZNF750 exhibited high mutational burdens, whereas ZNF703 showed a lower mutation frequency. Mutations were predominantly single nucleotide variants, with missense and synonymous variants as the major classes. Variants were distributed across protein sequences, with limited domain enrichment and no clear hotspot clustering. Recurrent mutations were gene-specific and infrequent. Comparison with TCGA data showed concordant mutation prevalence for ZNF217, low frequency for ZNF703, and absence of ZNF750 mutations. All three genes were significantly upregulated in tumors compared to matched normal tissues (ZNF217: p = 0.00068; ZNF703: p = 0.00475; ZNF750: p = 0.00366). Tumor expression exceeded normal expression in 74% of cases for ZNF217, 64% for ZNF703, and 83% for ZNF750. PCA demonstrated partial separation between tumor and normal samples. ZNF703 expression was positively associated with body mass index (β = 0.194, p = 0.025), and ZNF750 expression was higher in estrogen receptor–positive tumors (β = 1.050, p = 0.005). Conclusion ZNF217, ZNF703, and ZNF750 display distinct mutation and expression profiles in breast cancer, with evidence of cohort-specific variation. These findings highlight gene-specific mechanisms of dysregulation and emphasize the value of integrating genomic and transcriptomic analyses.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».